机架式
机架式服务器的外形看来不像计算机，而像交换机，有1U（1U=1.75英寸=4.445CM）、2U、4U等规格。机架式服务器安装在标准的19英寸机柜里面。这种结构的多为功能型服务器。
对于信息服务企业（如ISP/ICP/ISV/IDC）而言，选择服务器时首先要考虑服务器的体积、功耗、发热量等物理参数，因为信息服务企业通常使用大型专用机房统一部署和管理大量的服务器资源，机房通常设有严密的保安措施、良好的冷却系统、多重备份的供电系统，其机房的造价相当昂贵。如何在有限的空间内部署更多的服务器直接关系到企业的服务成本，通常选用机械尺寸符合19英寸工业标准的机架式服务器。机架式服务器也有多种规格，例如1U（4.45cm高）、2U、4U、6U、8U等。通常1U的机架式服务器节省空间，但性能和可扩展性较差，适合一些业务相对固定的使用领域。4U以上的产品性能较高，可扩展性好，一般支持4个以上的高性能处理器和大量的标准热插拔部件。管理也十分方便，厂商通常提供以相应的管理和监控工具，适合大访问量的关键应用，但体积较大，空间利用率不高。
机柜式
在一些企业服务器中由于内部结构复杂，内部设备较多，有的还具有许多不同的设备单元或几个服务器都放在一个机柜中，这种服务器就是机柜式服务器。机柜式通常由机架式、刀片式服务器再加上其它设备组合而成。
对于证券、银行、邮电等重要企业，则应采用具有完备的故障自修复能力的系统，关键部件应采用冗余措施，对于关键业务使用的服务器也可以采用双机热备份高可用系统或者是高性能计算机，这样的系统可用性就可以得到很好的保证。
服务器所处运行环境不佳
对于计算机网络服务器来说，运行的环境是非常重要的。其中所指的环境主要包括运行温度和空气湿度两个方面。网络服务器与电力的关系是非常紧密的，电力是保证其正常运行的能源支撑基础，电力设备对于运行环境的温度和湿度要求通常来说是比较严格的，在温度较高的情况下，网络服务器与其电源的整体温度也会不断升高，如果超出温度耐受临界值，设备会受到不同程度的损坏，严重者甚至会引发火灾。如果环境中的湿度过高，网络服务器中会集结大量水汽，很容易引发漏电事故，严重威胁使用人员的人身。
服务器系统漏洞过多
计算机网络本身具有开放自由的特性，这种属性既存在技术性优势，在某种程度上也会对计算机系统的造成威胁。一旦系统中出现很难修复的程序漏洞，某些不法人员很可能借助漏洞对缓冲区进行信息查找，然后攻击计算机系统，这样一来，不但用户信息面临泄露的风险，计算机运行系统也会遭到损坏。